Le nom "latin "de Chevannes ( Cavannas ) apparaît dès le XIè siècle dans les manuscrits qui répertorient les domaines des grandes abbayes auxerroises.

Ce nom évoque des cabanes, habitat en bois des serfs dépendant de l'abbaye.

Le village se peuple lentement et s'entoure de remparts aux XIIIè et XIVè siècles, remparts détruits au XVIIIè siècle, dont le souvenir demeure toutefois par le nom de rues  du bourg , rue Porte d'en Haut , rue Porte d'en Bas , chemin des Remparts.

Le début du XVIè siècle est marqué par une forte croissance économique.

Le règne de François 1er voit la construction d'une église de type gothique tardif , du manoir de Ribourdin, la rénovation du château de Fontaine Madame.

Mais cette période faste est suivie d'une période troublée, qui marque durablement Chevannes et les communes limitrophes.

Dans son livre " Histoire de la prise d'Auxerre par les huguenots" , l'abbé Jean Lebeuf indique que le jeudi 9 Octobre 1561, un affrontement entre catholiques et protestants fit de nombreux morts , et que les huguenots , fort minoritaires , furent bannis d'Auxerre et se réfugièrent à Chevannes.

Soutenus peu après par les troupes de François d'Andelot, seigneur de Tanlay, fief protestant, ils pillèrent des bourgs voisins, dont Jussy et Saint Cyr les Colons.

En représailles, la compagnie du Maréchal de Saint André alla piller le château d'Avigneau , possession de Marafin de Guerchy, seigneur huguenot.


Le seigneur de la Mothe, son proche voisin, catholique , en profita pour dérober châlits , portes et fenêtres de ce château ...

Ce contexte de haines réciproques se renforce en Septembre 1567 lorsque le capitaine La Borde, seigneur de Serein, à la tête de cinquante compagnons, force la porte d'Egleny et pénètre dans Auxerre.

Après plusieurs dépradations, les protestants tentent de détruire l'église Saint Pierre, puis se contentent de prendre les cloches..

Marafin de Guerchy, seigneur d'Avigneau, fera fondre les cloches et emportera le métal fondu en son château.

Le capitaine La Borde , seigneur de Serein , se proclama gouverneur d'Auxerre.

Informé de ses exactions, le prince de Condé, chef du parti protestant , le remplaça par son voisin Antoine Marafin de Guerchy, seigneur d'Avigneau, qui gouverna plus paisiblement Auxerre jusqu'à la reconquête par le parti catholique.

Le règne de Henri IV amène un apaisement durable et Chevannes prospère grâce à son terroir fertile et diversifié.

Jusque vers la fin du XIXè siècle et sa destruction par le phyloxera , la vigne occupe une portion importante de l'espace rural, comme en témoignent les actes d'expropriation des années 1870 lors de la construction de la ligne de chemin de fer d'Auxerre à Gien, dont l'emprise encore intacte constitue une agréable "coulée verte" propice à la randonnée comme aux promenades équestres.